نقل است که «زمانی که آیت الله فاضل اردکانی بیمار و بستری بودند، شبی اهل کربلا که شیفته صفا و سادگی ایشان بودند دور او جمع شدند؛ ناگاه «فاضل» اطرافیان را جواب می کند و می گوید از این جا بروید، زمان مرگم فرا رسیده است!
( ایشان در روزهای پایانی عمر شریفش به مرض استسقاء مبتلا شده بود و باید آب کم بخورد)
مردم می روند، آن گاه به پسرش می گوید برایم آب بیاور! آب مفصلی می خورند و کاملا سیراب می شوند، آن گاه به لهجه اردکانی می گوید: سلام الله علی الحسین!
آب خوبی خوردیم! و مردن خوبی هم می کنیم. پس خودش به رو قبله خوابید و در آن حال روحش به عالم باقی شتافت!(1)
آری مردن برای این گونه بزرگ مردان این چنین گوارا و راحت است!
پیکر پاک آن عالم ربانی و اسوه پارسایی‚ با شکوهی خاص تشییع و در مقبره استاد بزرگوارش آقا سید ابراهیم قزوینی صاحب ضوابط الا صول‚ نزدیک صحن کوچک حرم ملکوتی حضرت سیدالشهداء علیه السلا م به خاک سپرده شد.
(1)سر دلبران نوشته مرحوم آیت الله حاج شیخ مرتضی حایری یزدی