از جمله قضایایی که بر کمالات معنوی صاحب جواهر، شیخ انصاری و سعید العلماء دلالت دارد، این است که:
زمانی که صاحب جواهر، مرجع عام تقلید و شیخ انصاری نیز از نظر علمی درجه اول بود و خیلی‌ها قائل به تقدّم شیخ بر صاحب جواهر بودند (و شیخ در علم اصول قطعاً بر صاحب جواهر تقدم داشت)، شیخ عرض اندام نمی‌کرد و وقتی برای تقلید به وی مراجعه می‌کردند، به دیگری ارجاع می‌داد.
شیخ جزء اصحاب و حزب صاحب جواهر نبود و به علمیت صاحب جواهر هم چندان معتنی نبود و از تعبیر شیخ در مکاسب نیز این نکته برداشت می‌شود.
با این اوصاف طبعاً و علی القاعده نباید صاحب جواهر به شیخ معتنی باشد، لذا عرب‌هایی که از اصحاب و حزب و نزدیکان وی بودند، توقع نداشتند که صاحب جواهر برای مرجعیت بعد از خودش کسی غیر از اصحاب را برگزیند، به‌ویژه که از غیر عرب باشد.
ولی صاحب جواهر وظیفه شرعی دید که شیخ انصاری را معرفی کند. لذا قُبیل وفاتش گفت: به ملّا مرتضی بگویید بیاید.
اصحاب که می‌خواستند مرجع پس از وی عرب باشد، شیخ مرتضی عرب را آوردند.
صاحب جواهر گفت: نه، ملّا مرتضی شوشتری – یا دزفولی – را بگویید بیاید.
وقتی شیخ کنار صاحب جواهر نشست، صاحب جواهر در حالی که به شیخ اشاره می‌کرد، فرمود:
من أراد النجاة فلیتمسّک بهذا الشیخ»!
سپس به شیخ رو کرد و گفت: شیخ، قدری از احتیاطات کم کن که حکم شرعی سهل است.
با ارجاع صاحب جواهر همه شرایط برای مرجعیت شیخ آماده شد. هم مرجع عام او را معرفی کرده و هم در تقوا و ملّایی مورد قبول همگان است ولی شیخ از رساله نوشتن ابا کرد.
وقتی فشارهای اطرافیان زیاد شد، شیخ گفت: سعید العلماء بر من مقدم است و تا او هست، من رساله نمی‌نویسم. در آن وقت سعید العلماء در بابل مازندران بود. در آن زمان یعنی سال ۱۲۶۶ق تا قاصد از نجف به بابل برود، مدتی طول می کشید.
وقتی خبر به سعید العلماء رسید، او گفت: بله، من در درس شریف العلماء بر شیخ مقدم بودم ولی الآن وضع فرق کرده است. از وقتی که من به بابل آمده‌ام، از نظر علمی روزبه روز تنزّل کرده ام و سعید العلمای قبل نیستم و شیخ هم در حوزه علمیه با بزرگان علم سروکار داشته و روزبه روز ترقّی کرده است و او نیز شیخ انصاری سابق نیست و اکنون او بر من تقدم دارد. لذا باید از او تقلید کنید.
وقتی قاصد خبر ارجاع سعید العلماء به شیخ را به نجف آورد، شیخ شروع کرد به تحشیه رساله کلباسی.
در زمان صاحب جواهر دامادش سید محمد هندی که شاگردش نیز بود، از شیخ حسن مامقانی تقلید می‌کرد. از این روشن می‌شود که بستگان صاحب جواهر محذوری نداشتند که از دیگری تقلید کنند و این نیز کاشف از تقوای صاحب جواهر بود.
