محقّق کرکى دو بار به ایران آمده است: یک بار در زمان شاه اسماعیل و بار دیگر در زمان شاه طهماسب، و مدّتى ماند.
گمان مى کنم در زمان شاه اسماعیل به هرات رفته بود. در آن موقع شاه اسماعیل در هرات بود. قضیه اى پیش مى آید که سبب مى شود از شاه اسماعیل احتراز کند.
نوه ملا سعد تفتازانى، صاحب کتاب «مطوّل»، در هرات مرجع مهم و شیخ الاسلام سنّیها بود. شاه اسماعیل بعد از اینکه هرات را فتح مى کند، دستور مى دهد که در حضور او، علماى شیعه و سنّى بحث کنند .
یکى از مناظراتى که در حضور شاه اسماعیل برگزار شد، مناظره نوه ملا سعد است که متعصّب بود و برخوردش با طرف مقابل خوب نبود.
شاه اسماعیل دستور مى دهد او را بکشند. کمى بعد از آن محقّق کرکى وارد هرات مى شود و از آن قضیه اطلاع مى یابد و مى گوید: شما کار درستى نکردید.
من مى توانستم با براهین عقلى و نقلى او را قانع کنم و اگر او شیعه مى شد، همه هرات شیعه مى شدند. شما جلو ترویج دین را گرفتید.!
